30 вересня 1940 р. створено Чернівецьку науково-дослідну станцію рільництва, яка в 14 лютого 1956 р. Постановою Ради Міністрів УРСР реорганізована в Чернівецьку державну сільськогосподарську дослідну станцію.

Постановою Президії Української академії аграрних наук від 26 листопада 1999 р. Протокол 22 та Наказом Української академії аграрних наук від 6 грудня 1999 р. № 126 на базі земель і майна Чернівецької державної сільськогосподарської дослідної станції та Придністровської дослідної станції Інституту садівництва створено Буковинський інститут агропромислового виробництва.

Наказом Української академії аграрних наук від 03 листопада 2006 р. № 117 “Про найменування установ, підприємств та організацій Української академії аграрних наук” перейменовано в Буковинський Інститут агропромислового виробництва УААН.

Наказом НААН №322 від 24 листопада 2011 р. реорганізований в Буковинську державну сільсько­господарську дослідну станцію Інституту сільського господарства Карпатського регіону Національної академії аграрних наук України, яку у свою чергу було створено згідно Постанови Президії НААН від 18 травня 2011 року Протокол № 10 “Про оптимізацію мережі наукових установ Національної академії аграрних наук України”.

Наказом НААН №171 від 16 грудня 2013 р. «Про перепідпорядкування Буковинської державної сільськогосподарської дослідної станції та її мережі» Національній академії аграрних наук України. Постановою № 09/06 Президії НААН від 26 червня 2019 року Протокол № 9 та Наказом Президії НААН № 83 від 16 липня 2019 року «Про зміну підпорядкування Буковинської державної сільськогосподарської дослідної станції Національної академії аграрних наук України та підпорядкованих їй державних підприємств дослідних господарств» Буковинська державна сільськогосподарська дослідна станція підпорядкована Інституту сільського господарства Карпатського регіону Національної академії аграрних наук України.